2000年3月27日，普京以52.94%的选票当选为俄罗斯总统。2000年5月，他宣布俄罗斯联邦将对车臣实行直接管理。6月12日，普京任命了卡德罗夫为车臣的新领导人。至此，俄罗斯军队在第二次车臣战争中已经有2091人阵亡，5962人受伤。2001年1月22日，普京宣布，车臣将保留1.5万人的军队和6000人的内务部队，继续执行反恐任务，而其他俄军将全部撤出车臣。几年后，马斯哈多夫和巴萨耶夫分别在2005年和2006年被俄军击毙。
普京果断的性格、深思熟虑的治国策略，以及卓越的领导能力，在第二次车臣战争中展现得淋漓尽致。随着战争的结束，普京开始着手解决叶利钦留下的种种难题。俄罗斯是一个由89个平等的联邦主体组成的多民族联邦国家，联邦主体的形态包括州、民族自治州、边疆区、直辖市、自治共和国和自治专区。在苏联鼎盛时期，这些联邦主体必须完全服从莫斯科的管理。
然而，苏联解体后，叶利钦为了获得各联邦主体领导人的支持，不得不作出妥协，他承诺只要地方领导支持他，他们就能在主权之外拥有更多的自治权。叶利钦执政期间，他与俄罗斯最高苏维埃和俄罗斯人大打权力斗，1993年叶利钦炮击了俄罗斯白宫，最高苏维埃和俄罗斯人大随之消失。由于支持叶利钦的议员数量有限，叶利钦在与国家杜马的斗争中为了获得地方政府的支持，也与各地方领导达成了私下协议，赋予他们很大的自治权力，从而换取了地方大员的支持。这也导致了俄罗斯联邦委员会对俄罗斯杜马的种种限制。
展开剩余61%最关键的是，苏联解体后，俄罗斯各联邦主体的领导人由各地选举产生，俄罗斯总统既没有任命也没有罢免这些地方领导人的权力。再加上俄罗斯总统长期与议会争斗，中央政府的威望逐渐下降，中央政府对地方的控制力也变得越来越薄弱。
正如前文所述，叶利钦为了获得各联邦主体的支持，向地方的行政长官做出了大量妥协，这导致了许多“国中之国”的局面。首先，俄罗斯的一些地方政府几乎拥有无限的立法权，导致地方的法律与中央法律常常相冲突，甚至不同地区之间的法律也互相抵触。例如，一些地区可以自行宣布进入紧急状态，甚至可以发行本地区的代金券。远东的滨海边疆区行政长官甚至可以在自己的辖区内竖立代表自己权力的雕像，颁发地方性勋章，而这些权利在俄罗斯其他地区只能由总统拥有。
巴什科尔托斯坦共和国的总统则更为大胆，他拥有一支超过4万人的警察部队，这支部队完全忠诚于他个人，而该地区的法官和检察官有时也无需经过议会选举，直接由总统任命。这意味着巴什科尔托斯坦不仅是一个高度自治的“国中之国”，它的法律与俄罗斯中央的法律完全背离。车臣的情况则更为严重，它不仅拒绝承认俄罗斯的官方人员，还带着私人雇佣军公然反叛。
在叶利钦的执政后期，为了换取地方大员的支持，他不得不做出大幅度的妥协，这也导致了上述问题在俄罗斯各联邦主体中并不罕见。普京曾指出，除了乌德穆尔特共和国外，其他大部分俄罗斯联邦下的自治共和国的宪法实际上与俄罗斯宪法背道而驰，许多地方实际上已经具有了某种程度的独立性，只是他们并不像车臣那样公开发动独立战争。
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